Sains Seperti Sebuah Game

Sains Seperti Sebuah Game : Kasus penamaan bakteri Lactobacillus thermotolerans dan Lactobacillus ingluviei

Oleh: Achmad Dinoto

Adalah Piyanuch Niamsup, seorang mahasiswi asal Thailand, yang sedang berkonsentrasi meneliti bakteri di Universitas Hokkaido-Jepang, Ia mencoba menangkap bakteri asal saluran pencernaan ayam dengan memancingnya tumbuh di cawan mengandung campuran nutrien yang khusus. Beberapa isolat bakteri tumbuh dengan subur dan bugar pada kondisi suhu laboratorium yang cenderung panas (45°C), selanjutnya jasad renik itu disebut  thermotolerans(toleran terhadap panas).

Pengujian-pengujian laboratorium dilakukan untuk melihat karakter-karakter pertumbuhannya, makanan yang disukainya, komposisi tubuhnya sampai pada material genetik yang terkode di dalam selnya. Ketika dia berhasil mengurutkan rangkaian kode genetik (nukleotida) dari salah satu gen yang disebut 16S DNA ribosom dan membandingkannya dengan database publik (bank gen NCBI), “Aha!” ia bersorak. Dia saat itu mengetahui bahwa bakterinya adalah jauh dari kemiripan dengan bakteri-bakteri yang pernah dilaporkan sebelumnya. Artinya, bakteri tersebut adalah jenis baru. Pelaporan ilmiah temuan spesies baru organisme merupakan pencapaian kerja yang paling diidam-idamkan oleh seorang ahli taksonomi.

Sejak saat itu, Piyanuch memfokuskan diri untuk menulis laporan penemuannya yang akan dikirim ke jurnal ilmiah International Journal of Systematic and Evolutionary Bacteriology (IJSEM), sebuah jurnal yang menjadi acuan publikasi bagi penemuan baru spesies bakteri dari alam.

Suatu hari, di tengah proses penulisan  manuskripnya, dia terperanjat ketika mengecek ulang rangkaian nukleotida bakteri yang akan diberi namaLactobacillus thermotolerans ini di bank gen NCBI ternyata memiliki nilai kekerabatan (baca: nilai kemiripan) 100% dengan bakteri lain yang nantinya bernama Lactobacillus ingluviei. Bakteri L. ingluviei ini ditemukan oleh sekelompok peneliti asal Belgia dari saluran cerna burung dara.

Pertanyaan yang muncul adalah apakah kedua organisme itu adalah sama meskipun berasal dari tempat yang berbeda (ayam dan burung dara)? Jika merujuk pada konsensus bakteriologi, dua organisme yang memiliki rangkaian nukleotida gen 16S DNA ribosom lebih dari 97% adalah spesies yag identik, meskipun harus didukung oleh hasil pengamatan perbandingan hibridisasi DNA-DNA dengan nilai di atas 70%.

Piyanuch sadar bahwa saat itu muncul rival penelitian untuk memulai kompetisi pelaporan temuan spesies baru Lactobacillus yang diakui secara ilmiah di dunia internasional. Tampaknya, tim Belgia pun melakukan hal yang serupa dengannya. Berpacu dengan waktu!

Sampai akhirnya, publikasi tentang temuan spesies baru L. thermotoleransmuncul di IJSEM (Niamsup dkk. 2003) melegakan hati Piyanuch dan tim risetnya. Namun, berita baik itu ternyata juga menjadi milik tim peneliti Belgia dengan berhasil dipublikasikannya penemuan spesies baru  L. ingluviei pada jurnal yang sama (Baele dkk. 2003).

Meskipun secara kaidah saintifik penemuan kedua tim peneliti tersebut adalah sah dan valid, namun aturan yang berlaku untuk pemberian nama organisme yang sama mengacu pada nama organisme yang pertama kali dipublikasikan di jurnal yang representatif (IJSEM adalah jurnal yang direkomendasikan untuk kajian taksonomi bakteri).

Bagi peneliti taksonomi nama spesis bakteri yang diberikannya akan memberikan kebahagiaan (baca: kebanggaan) tersendiri jika menjadi acuan bagi peneliti lainnya. Oleh karenanya, strategi yang dibangun oleh kelompok peneliti Jepang dimana Piyanuch berada disana adalah mempublikasikan sebanyak-banyaknya dalam waktu singkat apa pun yang menggambarkan atau menceritakan bakteri L. thermotolerans tersebut di publikasi-publikasi ilmiah seperti mengenai metodologi pendeteksian spesies ini di saluran cerna ayam (Selim et al. 2005).

Pada suatu kesempatan, Dr. Erko Stackebrandt, peneliti senior di DSMZ, pakar taksonomi bakteri yang juga editor untuk jurnal IJSEM didaulat memberikan “justifikasi” kasus penamaan L. thermotolerans dan  L. ingluviei setelah kuliah umumnya di Universitas Hokkaido.

Dr. Stackebrandt bertanya ke tim peneliti Piyanuch untuk klarifikasi yang tertuang dalam komunikasi dua arah.

Dr. Stackebrandt bertanya, “Apakah penemuan spesies baru anda L. thermotolerans dilaporkan di jurnal ilmiah yang direkomendasikan untuk kajian taksonomi bakteri, seperti IJSEM?”

Tim peneliti Piyanuch menjawab,  “Ya!”

Dr. Stackebrandt melanjutkan pertanyaan, “Bagaimana dengan publikasi L. ingluviei oleh tim Belgia?”

Tim peneliti Piyanuch merespon, “L. ingluviei juga dipublikasikan di IJSEM”

Dr. Stackebrandt menyelidik,  “L. thermotolerans terbit pada volume berapa di IJSEM?”

Tim peneliti Piyanuch menjawab, “IJSEM volume 53!”

Dr. Stackebrandt semakin terpancing bertanya, “Lalu, publikasi L. ingluviei terbit pada volume berapa di IJSEM?”

Tim peneliti Piyanuch menyatakan,   “Sama! IJSEM volume 53!”

Dr. Stackebrandt bertanya lagi, “Pada halaman berapa publikasi L. thermotolerans?”

Tim peneliti Piyanuch menjawabnya,   “Halaman 263-268!”

Dr. Stackebrandt bertanya kembali, “Pada halaman berapa publikasi L. ingluviei?”

Tim peneliti Piyanuch menyatakan,  “Halaman 133-136!”

Kemudian Dr. Stackebrandt menutup dialog interaktif tersebut dengan pernyataan, “Sorry. Saya harus katakan  TIM ANDA KALAH dan tim Belgia yang menang!”

Sesaat kemudian dia menambahkan pernyataannya, “Tapi janganlah berkecil hati! Yang seperti ini biasa dalam dunia sains. Saya pun sering kali mengalami hal yang sama. Sains seperti sebuah game (permainan)!”

Pernyataan Dr. Stackebrandt terakhir memang menarik untuk dicermati. Kompetisi memang berlaku untuk beragam bidang, termasuk dalam dunia penelitian. Siapa cepat (dan akurat) maka dia yang dapat. Siapa yang cepat (dan akurat) maka dia  yang dirujuk.

Dalam kasus penamaan L. thermotolerans dan  L. ingluviei, justifikasi informal Dr. Stackebrandt  dalam kuliah umum di Universitas Hokkaido tampaknya tidak meleset, terlebih lagi dengan terbitnya publikasi Fellis dkk pada tahun 2006 di IJSEM mengenai studi perbandingan kedua isolat bakteri tersebut secara lebih detil yang berakhir pada kesimpulan bahwa L. thermotolerans dan  L. ingluvieiadalah jenis bakteri yang sama meskipun dijumpai adanya variasi karakteristik pertumbuhan dan berasal dari habitat yang berbeda, yaitu ayam dan burung dara (keduanya adalah unggas) . Maka nama bakteri L. thermotolerans harus merujuk L. ingluviei dan berganti nama menjadi  L. ingluviei sebagai nama bakteri yang pertama kali dipublikasikan, meskipun hanya selisih 130 HALAMAN saja dalam publikasi di IJSEM.

Kisah ini memberikan satu pelajaran mengenai strategi publikasi hasil penelitian di dunia internasional. Yaitu, penyimpanan data rangkaian nukleotida DNA ribosom untuk kandidat spesies baru organisme secara online di bank gen seperti NCBI, EMBL, DDBJ atau bank gen lainnya tidak memberikan klaim untuk organisme pertama kali dipublikasikan, karena pada hakekatnya bank gen seperti itu hanya merupakan media pengumpulan informasi-informasi genetik organisme secara kolaboratif untuk berbagai tujuan. [copyright 2009 achmad dinoto]

Catatan

Piyanuch Niamsup setelah menikah berganti nama menjadi Piyanuch Boonkumklao.